Doktorand inom spatiella arbetsflöden för bioinformatik

Joakim Lundeberg, Ph.

D., Professor in Molecular Biotechnology, was a co-founder of Science for Life Laboratory Sweden in 2010, a national and multi-university effort in large-scale life sciences providing access to infrastructures such as genomics, and proteomics, imaging, metabolomics, and drug development. Dr. Lundeberg has, during the most recent years, focused on spatial transcriptomics that enables a detailed description of gene expression patterns in tissue sections. Dr. Lundeberg has publications demonstrating the development of the technology but also examples of the impact of spatial analysis in biology. The current research focuses on expanding the spatial modalities and developing new software tools and applications in human cell atlas, and disease.

Projektbeskrivning

Forskarutbildningsämne: Bioteknologi

Det planerade Ph.D. arbetet kommer att utföras vid Science for Life Laboratory Stockholm, en nationell och multiuniversitetssatsning inom storskalig biovetenskap som ger tillgång till infrastrukturer som genomik, proteomik, bioinformatik, bildbehandling, metabolomik och läkemedelsutveckling. Lundebergslaboratoriet har under de senaste åren fokuserat på spatial transcriptomics som möjliggör en detaljerad beskrivning av genuttrycksmönster i vävnadssnitt. Laboratoriet har publikationer som visar teknikens utveckling men också exempel på effekterna av spatiell analys inom biologin. Den aktuella forskningen fokuserar på att utöka de spatiella modaliteterna och utveckla nya mjukvaruverktyg och applikationer inom cellatlas, och sjukdomar. Vi söker nu en ny Ph.D. att genomföra nya spatiella arbetsflöden för bioinformatik med hjälp av nästa generations sekvenseringsdata. Vi kommer att prioritera kandidater med erfarenhet av spatiell bioinformatik, såsom spatial transcriptomics men även single cell RNA sekveneringsanalys.

Handledning: Joakim Lundeberg föreslås handleda doktoranden. Beslut tas vid antagning

Vi erbjuder

Möjligheten att doktorera i en dynamisk, internationell forskarmiljö i samarbete med industrin och framstående universitet världen över Läs mer

En arbetsplats med många anställningsförmåner och månadslön enligt KTH: s avtal för doktorandlöner.

Forskarutbildning vid ett lärosäte som är aktivt och stöttande i frågor som rör t.ex. arbetsvillkor, jämställdhet och mångfald samt studiemiljö.

Arbete och studier i Stockholm med närhet till natur och hav.

Behörighet för antagning

För att bli antagen till forskarutbildning (kap 7 39 § högskoleförordningen) krävs att den sökande har grundläggande behörighet:

avlagt en examen på avancerad nivå, eller

fullgjort kursfordringar om minst 240 högskolepoäng, varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå, eller

på något annat sätt inom eller utom landet förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper.

Utöver ovanstående  finns också ett obligatoriskt krav på engelska motsvarande Engelska B/6, läs mer här.

Urval

För att lyckas med dina doktorandstudier på KTH behöver du vara målinriktad och ihärdig i ditt arbete. Vid urval av de sökande bedöms förmågan att:

självständigt driva sitt arbete framåt,

kunna samarbeta med andra,

ha ett professionellt förhållningssätt och

analysera och arbeta med komplexa frågor.

Efter behörighetskraven kommer stor vikt läggas vid personliga egenskaper.

Målexamen: Doktorsexamen

Information om antagning och anställning

Endast den som antagits till forskarutbildning får anställas som doktorand. Den sammanlagda anställningstiden får inte vara längre än vad som motsvarar utbildning på forskarnivå på heltid under fyra år. En anställd doktorand kan i begränsad omfattning (högst 20 %) utföra vissa arbetsuppgifter inom t.ex. utbildning och administration. En ny anställning som doktorand gäller för högst ett år, anställningen får därefter förnyas med högst två år i taget. Vid studier som ska avslutas med licentiatexamen får den sammanlagda anställningstiden inte vara längre än vad som motsvarar utbildning på forskarnivå på heltid under två år.

Fackliga representanter

Du hittar kontaktuppgifter till fackliga representanter på KTH:s webbsida.

Doktorandsektionen (Tekniska högskolans studentkår)

Du hittar kontaktuppgifter till doktorandsektionen på sektionens webbsida.

Ansökan

Du ansöker via KTH:s rekryteringssystem. Du som sökande har huvudansvaret för att din ansökan är komplett när den skickas in.

Ansökan ska vara KTH tillhanda senast sista ansökningsdagen vid midnatt, CET/CEST (Central European Time/Central European Summer Time).

Ansökan ska ha följande innehåll

CV med relevanta professionella erfarenheter och kunskaper.

Ansökningsbrev med en kortfattad redogörelse om varför du vill bedriva forskarstudier, om dina akademiska intressen och hur de relaterar till dina tidigare studier och framtida mål. (Max 2 sidor)

Kopior av examensbevis och betyg från tidigare universitetsstudier och intyg på uppfyllda språkkrav (se ovan). Översättningar till engelska eller svenska om originaldokumentet inte är utfärdade på ett av dessa språk.Kopior av original ska vidimeras

Representativa publikationer eller tekniska rapporter. För längre dokument, bifoga gärna en sammanfattning (abstract) och en webblänk till den fullständiga texten

Övrigt

Strävan efter jämställdhet, mångfald och lika villkor är både en kvalitetsfråga och en självklar del av KTH:s värdegrund

Anställningen kan komma att omfatta säkerhetskänslig verksamhet. För att bli behörig behöver du därför klara en eventuell säkerhetsprövning.

För information om behandling av personuppgifter i samband med rekrytering läs mer här.

Vi undanber oss direktkontakt med bemannings- och rekryteringsföretag samt försäljare av platsannonser.

Om KTH

KTH är ett av Europas ledande tekniska universitet och en viktig arena för kunskapsutveckling. Som Sveriges största universitet för teknisk forskning och utbildning samlar vi studenter, forskare och fakultet från hela världen. Vår forskning och utbildning omfattar såväl naturvetenskap som alla grenar inom teknik samt arkitektur, industriell ekonomi, samhällsplanering, historia och filosofi. https://www.kth.se/om/om-kth-1.885102